小学四年级的拓真在画家爷爷去世后，搬进了爷爷留下的老旧书店。他在阁楼发现一本空白的《妖怪图鉴》。一次偶然，他看到一个只有他能看见的、由废弃玩具怨念形成的“垃圾怪”。当他鼓起勇气帮助了“垃圾怪”后，妖怪化为一道光被吸入图鉴，空白页上出现了栩栩如生的画像和故事。从此，拓真成了城市的秘密守护者，用善良和智慧“收服”各种因人类负面情绪或都市问题而产生的现代妖怪，并将它们的故事画入图鉴，同时也逐渐走出了自己的封闭世界。